Il formato del file FASTA è un formato basato su testo utilizzato per rappresentare sequenze di nucleotidi e peptidi con codici singole lettere . Il formato di origine con il pacchetto software FASTA , sviluppato presso l'Università della Virginia . Il formato FASTA è diventata uno standard nel campo della bioinformatica . E 'possibile scaricare il pacchetto software FASTA e di creare e confrontare le sequenze sul proprio computer Macintosh. Cose che ti serviranno
programma eseguibile FASTA per Mac OS X
Terminal programma
Show More Istruzioni
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Scaricare un file eseguibile di FASTA costruito per Mac OS X ( vedi Resource 1) . Professore WR Pearson dell'Università della Virginia mantiene un sito con codice sorgente e file eseguibili binari per un certo numero di piattaforme . A partire dal febbraio 2012, l'ultima versione binaria di FASTA per Mac OS X è fasta - 35.4.11.macosxuniv.tar.gz .
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Aprire una finestra del Finder e navigare utilizzando la barra laterale sinistra per il vostro scaricare cartella . Fare doppio clic sul file binario eseguibile FASTA che si è scaricato . Ciò decomprimere ed estrarre il pacchetto per creare una sotto- cartella chiamata " fasta - 35.4.11 " nella cartella di download .
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Aprire una finestra di terminale e passare alla cartella Download dalla riga di comando . Il comando nel terminale sarà "cd Downloads" se si utilizzano le impostazioni predefinite del sistema . Dalla cartella Downloads , digitare " cd fasta - 35.4.11 " per entrare nella cartella FASTA .
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Digitare il comando " bin/fasta35 - q seq/mgstm1.aa ss /prot_test . LSEG " nella finestra di terminale . Questo farà eseguire una sequenza query di prova contro una libreria di test . Se questo comando viene eseguito correttamente , verrà visualizzato un riepilogo dei tempi di scansione e di residui di sequenza.
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Fai un file FASTA utilizzando qualsiasi editor di testo , come ad esempio l'applicazione TextEdit o il comando vi dal Terminal . Un file FASTA è un semplice file di testo . La prima riga del file deve contenere un carattere " > ", seguito da un identificatore di sequenza . Il file FASTA dovrebbe contenere una sequenza di DNA sulle linee rimanenti .
