Digital imaging in microscopia è avanzata notevolmente negli ultimi anni ed è in grado di eguagliare o superare la qualità delle immagini del film. Il software che viene utilizzato per memorizzare ed elaborare le immagini è anche sempre più avanzate . Multidimensionali Imaging

pacchetti avanzati possono acquisire, gestire e analizzare i dati e visualizzare l'imaging multidimensionale di sei dimensioni : punti multistadio X , Y , Z , lambda ( lunghezza d'onda ) , T e . Le immagini 3D possono essere visualizzati come il software rende sequenze di immagini in diverse dimensioni .
Profondità di campo

Immagini che sono stati catturati a diversi livelli di messa a fuoco può essere utilizzato per creare un'immagine all-in -focus .
Management Database

software di imaging moderno microscopio in grado di gestire banche dati di immagini , supporto di immagini e di meta- dati . Le immagini possono essere ordinate in database e le tabelle per il filtraggio, ordinamento e raggruppamento multiplo . I dati delle immagini possono essere esportati in un foglio di calcolo per ulteriori analisi .
Deconvoluzione

fluorescenti immagini 3D possono essere migliorata riducendo la foschia e la sfocatura dell'immagine.