La memoria contenuta su unità flash USB funziona molto simile a come funziona qualsiasi altro disco rigido esterno USB . Ciò significa che può contenere più partizioni e tipi di partizione e non limitati al tipico formato FAT32 , con il quale la memoria flash USB in genere viene fornito pre-formattato dalla fabbrica. Riformattando la memoria flash USB , partizioni diverse contenenti diversi file system possono essere immessi sul disco . La memoria flash USB è anche configurabile per avviare il computer . FAT /FAT32

Questo è di gran lunga il formato più comune , quasi tutti nuovi di memoria flash USB venire formattato con questo tipo di partizione di default. Il tipo di partizione FAT32 supporta partizioni più di 4 GB di dimensione ed è il più compatibile tra più sistemi operativi.
NTFS

Un dispositivo di memoria flash USB può essere riformattato con un NTFS partizione di tipo tavolo per lavorare con Microsoft Windows . Formattare un dispositivo di memoria USB con NTFS per creare copie di avvio di Microsoft Windows che possono essere installati dalla memoria USB . Questo è utile per l'installazione su computer netbook .
HFS +

Hierarchical File System estensione è il tipo di tabella delle partizioni usato dai computer Macintosh . Se un dispositivo di memoria USB deve essere utilizzato esclusivamente con Mac OS X , formattare il dispositivo USB con HFS + consente funzioni extra, come ad esempio i permessi dei file che FAT32 non supporta.
EXT3 /EXT4

il filesystem EXT viene utilizzato con il sistema operativo GNU /Linux . Con la formattazione di un dispositivo di memoria USB con la partizione di tipo tabella EXT3 o EXT4 , un sistema Linux avviabile può essere creata sul dispositivo USB .