Anche se l'organizzazione ha studiato i benefici ed i vantaggi dell'utilizzo di un supercomputer per affrontare problemi complessi e complicati , vi accorgerete che i supercomputer presentano anche alcuni svantaggi . Il più grande e più potente supercomputer è, più infrastrutture e la manutenzione che richiede di eseguire i calcoli che si intende raggiungere. Archiviazione e larghezza di banda

ricercatori utilizzano i supercomputer per fare il lavoro con enormi insiemi di dati che essi processo ad un ritmo elevato , mentre la generazione sempre più grandi quantità di dati aggiuntivi, come quando gli scienziati lavorano su previsioni meteorologiche o simulano nucleare detonazioni di bombe . Uno svantaggio è che i supercomputer richiedono massicce unità di archiviazione esterne la cui larghezza di banda è abbastanza veloce per ospitare i dati che vengono analizzati e prodotto . Se lo stoccaggio e la larghezza di banda non può tenere il passo con il flusso di dati , il supercomputer non sarà in grado di lavorare a pieno regime .
Manutenzione e supporto
sistemi Supercomputer

sono costruiti da collegare più unità di elaborazione e può richiedere grandi sale per la memorizzazione. Il gran numero di processori emettono calore maggiore rispetto ai computer standard, che è uno svantaggio perché richiedono una infrastruttura di raffreddamento . Il supercomputer ha anche bisogno di software per monitorare come vengono utilizzati e di rilevare i guasti , e una più grande di personale tipico supporto per amministrare e sostenere il computer , la memoria esterna e di rete ad alta velocità .
< Br > Costo

un supercomputer in grado di simulare la posizione dei potenziali giacimenti di petrolio o il progresso delle varie permutazioni di un sistema di uragano può costare un sacco di soldi , che potrebbe essere uno svantaggio se l'organizzazione deve lavorare con un budget limitato . Per esempio, un supercomputer IBM Watson " costa circa $ 3 milioni, secondo la rivista Computerworld . Il K Computer di Fujitsu per il RIKEN Advanced Institute of Computational Science di Kobe, in Giappone, costato 1,2 miliardi dollari per costruire e richiede 10 milioni dollari all'anno per i costi operativi , secondo l' Atlantico .
Tempo di elaborazione

differenza dei computer desktop ordinarie che potrebbero terminare il calcolo di un problema in pochi minuti o durante la notte , i supercomputer lavorare su compiti che richiedono calcoli intensivi che può richiedere tempi estremamente lunghi per il completamento. Ad esempio, un supercomputer potrebbe passare mesi l'esecuzione di calcoli per sostenere la ricerca sui cambiamenti climatici o per aiutare a curare una malattia , che presenta una situazione di svantaggio per le persone che sono in una fretta per ottenere risultati rapidi .